Принцип работы простой: открываем как внешний файл, выбираем дату на которую будут созданы корректировки регистров, если нужно контрагента (если не выбирать обработаются все контрагенты) и заполнить список счетов к остаткам которых нужно свести регистр
Результатом будет созданный документ "Корректировка записей регистров" с движениями по регистру накопления "Взаиморасчеты с контрагентами", такими чтобы сравнять остаток по регистру с бухгалтерскими остатками.
На скриншоте виден результат работы, зависшие остатки списаны в ноль.
Обработка тестирована на конфигурации "Комплексная автоматизация, редакция 1.1 (1.1.115.1)".